Finanční správa České republiky je ústřední orgán, pod jehož kompetenci daň z nemovitých věcí spadá. Daňová přiznání se podávají na příslušný finanční úřad podle místa, kde se nemovitost nachází — nikoli podle trvalého bydliště vlastníka. Finanční správa rovněž spravuje výběr daně a dohlíží na plnění daňových povinností. Elektronická komunikace s finanční správou probíhá přes portál MOJE daně (mojedane.cz), kde lze daňové přiznání podat online, přihlásit se přes datovou schránku nebo bankovní identitu a sledovat stav svého daňového účtu. Finanční správa také přijímá a zpracovává oznámení o změnách ovlivňujících výši daně — například přístavbu nebo změnu způsobu využití nemovitosti. Informace o změně vlastníka dostává automaticky z katastru nemovitostí, ale nový vlastník musí daňové přiznání podat sám.